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    Defining Life: Conference Proceedings

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    Guillaume
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Defining Life: Conference Proceedings

    Message par Guillaume Jeu 18 Aoû - 17:50

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    Defining Life: Conference Proceedings Empty La nécessité, la futilité et la possibilité de définir la vie sont toutes intégrées dans son origine comme un gradient ponctué

    Message par Guillaume Ven 19 Aoû - 9:24

    La nécessité, la futilité et la possibilité de définir la vie sont toutes intégrées dans son origine comme un gradient ponctué
    Radu Popa
    l'origine et de l'évolution précoce de la vie (OEEL)

    Les entités vivantes sont définies comme des systèmes auto-entretenus, capables d'évolution adaptative individuellement, collectivement ou en ligne descendante. La vie est un concept plus large indiquant que la capacité d'exprimer ces attributs est soit virtuelle, soit réelle. Au moins quatre grandes transitions de phase peuvent être reconnues lors de l'origine de la vie (activité réflexive ; homéostasie autorégulée ; avènement des informatons et
    origine de l'évolution adaptative) ; ceux-ci font de l'origine et de l'évolution du début de la vie un exemple de «graduation ponctuée». De telles transitions de phase peuvent être utilisées pour identifier une frontière dans l'évolution précoce où la vie a commencé.
    Par conséquent, certains auteurs préfèrent croire qu'une définition de la vie est une question
    de convention (similaire au choix arbitraire d'une nuance de gris spécifique dans un dégradé long et lisse entre le blanc et le noir comme limite réelle blanc/noir). Désormais, la façon dont nous décrivons l'origine de la vie a des conséquences sur notre capacité à révéler et à nous concentrer sur ses étapes évolutives et sa définition. Je l'appellerai : "le dilemme du gradualisme sans fin ».Parce qu'aucun événement unique n'explique pleinement la transition de la non-vie à la vie, expliquer le phénomène de la vie ne peut être que complexe (y compris de nombreuses forces physico-chimiques, événements et réalisations), rendant toute brève définition insuffisante.

    Un argument fréquemment utilisé contre la faisabilité d'une définition de la « vie » est que nous n'avons pas assez d'informations, ou n'avons pas atteint une maturité scientifique suffisante pour expliquer la complexité de la vie. Enfin et surtout, le rôle de la psyché humaine, de la morale et des objectifs ne peut être sous-estimé lorsqu'un engagement aussi important que "la définition ultime et irrévocable de la vie »est en jeu. En raison (sans doute) d'un préjugé inné envers le spiritisme, de nombreux humains ne sont pas prêts à accepter qu'une définition matérialiste de la vie puisse jamais être satisfaisante, et minimiseront tout engagement ou accord sur cette question. En outre, de nombreux chercheurs sont plus à l'aise d'être dans une marche continue vers la compréhension de la vie, plutôt que de s'installer sur une définition ultime. Certains pourraient prétendre qu'une définition de la vie restera hors de portée tant que les derniers détails de la question de l'origine de la vie n'auront pas été complètement résolus.

    Selon Stuart A. Kauffman (1993) l'existence d'un système chimique autonome requiert un degré élevé de complexité; ici la complexité est interprétée comme une mesure de la diversité des composants internes, et de la spécificité de leur position dans le réseau, de leur activité et de leurs interactions. Le dilemme ns ce cas est que si le «seuil de complexité nécessaire à la vie» est trop élevé (comme le suggère l'analyse de Kauffmann), d'une part, des systèmes plus simples (c'est à dire ceux qui obéissent à la 2e loi de la thermodynamique) n'auraient jamais pu évoluer vers une organisation et une complexité accrues, tandis que, d'autre part, l'origine aléatoire d'un système suffisamment complexe pour être vivant se heurte à des obstacles impossibles.

    Si nous voulons comprendre comment divers agents physiques (forces naturelles ou principes organisateurs) peuvent avoir contrôlé l'évolution des systèmes pré-vivants, par rapport aux agents contrôlant l'évolution des systèmes vivants, nous devons identifier les seuils d'évolution où les réseaux chimiques peuvent être devenus vivants (c'est à dire établir des frontières non ambiguës et quantifiables entre l'état non vivant et l'état vivant).

    Les interprétations holistiques de la vie sont des points de vue liés à la fonction et au but, expliquant la vie comme une propriété collective, et peuvent être résumées en : "rien n'est vivant dans une cellule sauf la totalité » (Olomucki1993). Le réductionnisme essaie de distiller la vie en mécanismes ou forces très simples, à petite échelle, fondamentaux et minimalistes qui peuvent l'expliquer pleinement. Le vitalisme et le spiritisme sont enracinés dans la croyance que la vie est due à un principe transcendantal d'organisation, à une force ésotérique ou à une volonté surnaturelle, qui dépassent notre pouvoir d'observation ou de compréhension. Le réductionnisme mécaniste et le matérialisme dialectique considèrent que la vie est un phénomène pleinement logique, et que, même si nous ne pouvons pas l'expliquer aujourd'hui, nous le ferons éventuellement dans le futur. Lorsque cela se produira, il sera prouvé que la vie a été causée par des lois de la nature sans ambiguïté et que son origine s'est produite dans des interactions et des circonstances environnementales très spécifiques.

    Sur la base de ces diverses positions sur la vie, différents auteurs ont proposé des définitions de la vie d'une manière qui reflète leur spécialité, leurs objectifs et leur public cible. Lorsque de telles définitions de la vie sont formulées, elles apparaissent sous deux formes : paramétrique (une collection d'attributs plus généraux ou particuliers des formes de vie), cybernétique (une analyse numérique des propriétés de la vie), cellulariste/génétique (une petite liste de les caractéristiques les plus importantes, résultant généralement d'un diagnostic de la vie sur Terre) et non-Terre-centrée.

    Aucune définition de la vie n'a jamais été interprétée par les pairs comme « juste ce qu'il faut ». Différents observateurs percevront souvent la philosophie des autres comme tirée par les cheveux, inadéquate ou insuffisante, et la définition des autres comme trop étroite, trop large, trop vague, trop mathématique, trop matérialiste ou trop peu pratique. Les scientifiques les plus pragmatiques éviteront simplement un tel dilemme et
    qualifieront la « vie » de « vie biologique telle que nous la connaissons sur Terre » avec l'affirmation très courante "Je reconnais quand je le vois".

    Les opinions sont également fortement partagées sur les types de systèmes qui peuvent appartenir au grand parapluie que nous appelons la vie. Les virus naturels sont-ils vivants ? Si oui, qu'en est-il des prions et des viroïdes ? Les simulations de vie sur ordinateur sont-elles vivantes ? Si les virus naturels sont vivants, les virus informatiques sont-ils également vivants ? Il existe déjà des définitions de portée différente. Définir la vie comme "tout système matériel qui subit une évolution darwinienne... capable d'auto-reproduction et de mutation suivie d'une sélection basée sur des informations stockées" (McKay,1994), inclura les extraterrestres mais ne tiendra pas compte de la vie informatique et des virus. À un autre extrême, définir la vie comme « tout système reproductible capable d'évolution adaptative » semble trop large et inclut des systèmes qui ne sont pas métaboliquement actifs.

    Au niveau du mécanisme, l'OEEL est le résultat d'une augmentation de l'organisation soutenue par une dissipation d'entropie contrôlée par le système ; par conséquent, en tant que phénomène naturel, l'OEEL doit être expliqué à l'intersection entre la thermodynamique des déséquilibres et la théorie de l'information. Pourtant, aucune des facettes majeures de la vie (comme le flux d'énergie, l'organisation, l'homéostasie, l'information génétique et l'évolution) n'est réellement primordiale ; ils ont tous coévolué. Ainsi, hiérarchiser leur primordialité doit inclure une élimination déductive appropriée.

    Les « entités vivantes » et la « vie » sont des concepts différents, avec des significations et des propriétés distinctes.

    une description appropriée de la vie devrait être du côté du réductionnisme mécaniste (plutôt que du vitalisme ou du spiritisme), et à mi-chemin entre l'holisme et le réductionnisme. Au moins deux définitions sont apparemment nécessaires ; un pour les « entités vivantes » (en tant que réalités
    physiques), et un autre pour la « vie » (en tant que concept abstrait identifiant une réalisation fonctionnelle dans le comportement des entités vivantes)

    « Les êtres vivants sont des systèmes auto-entretenus, capables d'évolution adaptative, individuellement, collectivement ou en ligne descendante ».
    "Être en vie est l'état d'expression de ces capacités".
    "La vie est un concept indiquant que la capacité d'exprimer ces attributs est virtuellement ou réellement présente".


    Quatre des transitions de phase les plus notables dans l'OEEL sont :
    1) Implémentation de "activité réflexive » :cela inclut toute activité qui relie un flux d'énergie à l'activité de maintien de l'état d'un système ; cette transition de phase est susceptible d'avoir créé une relation mutuellement conditionnelle entre "l'organisation du système" et le "fonctionnement du système", et rendu l'organisation contrôlable de l'intérieur même dans les systèmes abiotiques

    2) Atteindre un niveau de complexité suffisant pour permettre l'internalisation de la plupart des mécanismes de contrôle du système (Kauffman1993); permettant ainsi aux systèmes d'évoluer à partir de l'expression d'une régulation par rétroaction locale ou à petite échelle (c'est à dire maintien des états du système sous un contrôle externe important), vers l'homéostasie (c'est à dire la préservation de l'état du système étant dominée par l'autocontrôle) ;

    3) Évolution des automates en informatons. Les automates sont des systèmes autocontrôlés basés sur des mécanismes de rétroaction analogiques ; au mieux, ces systèmes ne peuvent assumer qu'un seul état (ou un très petit nombre d'états liés) et ont une liberté limitée pour contraindre ces états. Les
    informations sont des systèmes autocontrôlés dominés par des mécanismes de contrôle numériques (génétiques ou cryptiques). Le passage des automates aux informatons a ouvert la voie vers une augmentation considérable de la capacité de ce qui est désigné dans la bibliographie comme
    "informations utiles" (Yockey2002). L'information significative est la capacité d'information de la partie organisée du système. L'information numérique a le grand avantage de la compressibilité, et peut donc offrir plus de libertés pour contrôler l'état d'un système. Il peut également être utilisé pour
    construire une réalité virtuelle (c'est à dire un ensemble d'instructions concernant les différents états qu'un système peut prendre et la façon de réagir aux diverses contingences environnementales). A terme, chaque espace système peut abriter une collection d'états différents (un réel et d'autres
    virtuels) dont la somme (et la succession) est connue dans le domaine de la «dynamique qualitative » comme un "quasi-état ».

    4) La transition de l'évolution pré-darwinienne (par exemple darwinisme moléculaire, séquences polymériques auto-gratifiantes ou évolution génétique égoïste) à un véritable darwinisme (c'est à dire adaptative). Cette transition de phase a créé un paysage sans fin de contingences fonctionnelles
    apprenables au sein de systèmes de taille spatiale finie, en élargissant la variabilité de l'information à travers le temps variable et en produisant une mémoire sur les expériences passées.

    Nous ne serons peut-être jamais d'accord sur une définition définitive de la vie, qui pourrait rester à jamais une question de perspective personnelle. La mesure de sa maturité scientifique peut en fait être sa dernière “définition de la vie »,et l'acceptation qu'il n'est jamais ultime.

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    Defining Life: Conference Proceedings Empty De l'exobiologie à l'origine de la vie sur Terre et à la définition de la vie F. Raulin

    Message par Guillaume Ven 19 Aoû - 9:43

    Ainsi, une approche souvent suivie pour définir la vie consiste à énumérer les propriétés communes de tous les systèmes vivants terrestres, en particulier celles qui semblent plus spécifiques au monde vivant. Je sélectionne personnellement trois propriétés principales d'une telle approche. Le premier est le
    niveau de complexité et la grande quantité d'informations stockées dans un système vivant. La seconde est la propriété de réplication, qui peut se faire avec des modifications, permettant au système de s'adapter aux contraintes de son environnement. Et la troisième est cette possibilité d'évolution, par
    sélection naturelle, permettant à l'espèce de rester en vie et d'évoluer, avec éventuellement une augmentation de sa complexité et du niveau d'information stockée.

    Cette origine chimique de la vie, pourrait justifier une définition chimique de la vie : la vie est un système chimique complexe capable de se répliquer et d'évoluer grâce à une sélection naturelle.

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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Quelles formes de vie possibles pourraient exister sur d'autres planètes : un aperçu historique Florence Raulin Cerceau

    Message par Guillaume Ven 19 Aoû - 9:52

    « c'est beaucoup d'ignorance basée sur très peu de science » Fontenelle (1657-1757)
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Définir la vie ou donner vie à la biologie Kepa Ruiz-Mirazo & Juli Pereto & Álvaro Moreno

    Message par Guillaume Ven 19 Aoû - 9:59

    Nous affirmons que deux notions fondamentales peuvent capter le noyau du vivant, autonomie de base et évolution ouverte,et que seule la combinaison complémentaire de ces deux constructions théoriques offre une solution adéquate au problème de la définition de la nature de la vie en termes suffisamment spécifiques, mais aussi suffisamment englobants.

    Souvent nous ne réalisons pas à quel point notre vision actuelle de la vie reflète une coupure implicite, liée à cette double tradition en biologie. Mais, en fait, les systèmes vivants ont tendance à être considérés sous deux angles distincts (Maynard Smith1986) :
    (i) en tant qu'organismes individuels dans une activité continue d'autoproduction (métabolisme) et en interaction continue avec leurs environnements respectifs, y compris d'autres organismes ; et
    (ii) en tant que populations, espèces ou écosystèmes suivant des voies évolutives à plus long terme, constituant différentes branches de l'ensemble de l'arbre de la vie (la biosphère : passé, présent et futur).

    De notre point de vue, les concepts clés pour saisir le noyau fondamental du phénomène vivant sont «l'autonomie de base» (Ruiz-Mirazo et Moreno2004; Ruiz-Mirazo et al. 2004) et "l'évolution ouverte" (Ruiz-Mirazo et al.2004,2008). L'autonomie, dans ce sens (bio-)chimique minimal, recouvre les principales propriétés manifestées par tout système vivant au niveau individuel : (i) l'auto-construction (c'est-à-dire le fait que la vie se construit continuellement, à
    travers le métabolismes, les composants qui sont directement responsables de son comportement) et (ii) l'action fonctionnelle sur/à travers l'environnement (c'est-à-dire le fait que les organismes sont des agents qui modifient nécessairement leurs conditions aux limites pour assurer leur propre maintien en tant que systèmes dissipatifs loin de l'équilibre).
    L'évolution ouverte, à son tour, couvre les propriétés de la vie en tant que phénomène historique collectif, c'est-à-dire en tant que réseau complexe d'individus (organismes) en interaction, entraînant d'autres individus similaires et subissant un processus de changement à long terme qui permet pour un accroissement indéfini de leur complexité (toujours sous les contraintes données par un monde physico-chimique fini). Mais, plus important encore, selon la manière dont nous définissons et utilisons ces concepts, un processus d'évolution sans fin ne pourrait se produire que dans le contexte d'une
    population de systèmes autonomes ;

    la vie serait (Ruiz-Mirazo et Moreno2010)≪un réseau complexe d'agents autonome auto-reproduis dont l'organisation de base est instruite par les enregistrements matériels générés par un processus historique ouvert dans lequel ce réseau collectif évolue≫, qui vient essentiellement de la prise
    de conscience que les aspects collectifs-évolutifs et individuels-systémiques du vivant sont si profondément entrelacés qu'ils ne peuvent être séparés.

    distinction entre critères de vie « absolus ou réels » et critères de vie « potentiels ». Les premiers s'appliquent à ≪chaque être vivant à chaque instant de sa vie sans exception ≫ et ces derniers ≪ne sont pas des critères nécessaires pour la survie des organismes individuels, sont indispensables à la survie du monde vivant≫ (Ganti1987, p. 68-69)
    Et une telle distinction permet aussi de dépasser les problèmes posés aux définitions de la vie par certains cas limites (ex : semence au repos, culture tissulaire congelée, animaux stériles, etc.).

    la vie est la conséquence de l'intersection de la lignée (évolution) et du métabolisme (individus), et la coopération est aussi importante que la compétition dans la constitution de la matière vivante. Nous trouvons donc ici deux processus intriqués, se produisant à des rythmes et à des endroits différents, mais dépendants l'un de l'autre, puisqu'aucun ne peut être réellement compris sans se référer à l'autre.

    Or, si la notion d'organisme s'avère cruciale pour comprendre le vivant, il convient de se demander quelle est sa structure organisationnelle de base, son ensemble minimal et commun de propriétés, des exemples unicellulaires les plus simples aux plus complexes. Dans son expression générale la plus élémentaire, un organisme est un ensemble de parties (molécules, cellules, etc.) qui forment un tout intégré, selon un agencement qui lui permet deloi dans son environnement pour se maintenir et se reproduire. Ainsi, l'organisation des organismes implique que les composants et les processus de l'entité organisée ne sont pas seulement responsables de la production les uns des autres et du tout, mais sont en fait soumis au pouvoir de cette entité pour
    mener à bien des actions globales hautement coordonnées : c'est-à-dire , se comporter comme un agent.
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Origine de la vie et définition de la vie, de Buffon à Oparin. Stéphane Tirard

    Message par Guillaume Ven 19 Aoû - 17:11

    Résumé De nombreuses théories sur l'origine de la vie à la fin du XIXe siècle et au début du XXe, utilisent généralement des conceptions de la vie au lieu de définitions explicites de la vie. Cet article présente des idées sur l'origine de la vie telles qu'étudiées par Buffon (1707-1788), Lamarck (1744-1829), Darwin (1809-1882), Huxley (1825-1895), Oparin (1894-1980) et Haldane (1892 –1964).
    Nous montrons que leurs conceptions sur l'évolution de la matière et de la vie révèlent leurs conceptions de la vie plutôt que leurs définitions de la vie.

    « La vie est un ordre et un état de choses dans les parties de tout corps qui la possède. La vie permet ou rend possible l'exécution du mouvement organique et, tant qu'il subsiste, contrecarre efficacement la mort. (Lamarck1802p. 71)
    Nous affirmons que la description de Lamarck de l'animalisation de la matière est une présentation synthétique de toute sa théorie évolutionniste ou transformiste. Cette description reprend en effet les concepts fondamentaux de sa théorie : fluides, habitudes et modification. Avec ces concepts, Lamarck
    peut expliquer toutes les transformations des organismes, des animalcules aux mammifères. Avec Lamarck, nous voyons que la définition de la vie dépend de processus de transformation qui incluent la génération spontanée ainsi que la formation d'espèces.


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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Qu'est ce que la vie? Définir la vie dans le contexte de la complexité émergente. Bruce H. Weber

    Message par Guillaume Ven 19 Aoû - 17:20

    Une approche de la dynamique des systèmes complexes, y compris la thermodynamique hors d'équilibre, peut fournir une approche plus robuste pour définir la vie qu'un «réplicateur nu» à l'origine de la vie. La question cruciale devient le processus d'émergence de la vie à partir de la chimie prébiotique, concomitante à l'émergence de la fonction, de l'information et de la sémiose. Les entités vivantes peuvent être considérées comme des cycles autocatalytiques limités et informés se nourrissant de gradients matière/énergie, exhibant une capacité d'action, capables de croissance, de reproduction et d'évolution. Comprendre comment la vie a pu émerger devrait affiner notre définition de ce qu'est la vie.

    Schrödinger a ensuite lié ces deux aspects en affirmant qu'un organisme était capable de concentrer un "flux d'ordre" sur lui-même dans son organisation et dans les "solides apériodiques" ou molécules chromosomiques, échappant ainsi à la désintégration dans le chaos atomique.

    Trois types d'émergence peuvent être distingués dans les systèmes complexes (Weber et Deacon 2000; Diacre 2003). L'émergence de premier ordre n'est que la survenance synchronique du macroscopique sur le microscopique, comme dans la propagation des ondes dans un fluide ; l'émergence de second ordre est l'autoorganisation diachronique des systèmes dissipateurs d'énergie, comme un flocon de neige ou la réaction de Belousov-Zhabotinskii ; l'émergence de troisième ordre est diachronique avec un biais à travers les itérations ou les générations, comme dans le développement et l'évolution biologiques. Cette dernière peut être caractérisée comme une « auto-organisation autoréférentielle » dans laquelle émerge la sémiosis. "Ainsi, la vie, même dans ses formes les plus simples, est une émergence de troisième ordre. C'est pourquoi ses produits ne peuvent être pleinement appréhendés en dehors de préoccupations historiques ou fonctionnelles » (Diacre2003, p. 300). On pourrait alors imaginer l'émergence de la vie comme une transition d'une émergence de second ordre à une émergence de troisième ordre dans un système chimique complexe sous les bonnes conditions initiales et aux limites.
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Réplique logicielle des processus vitaux minimaux. Hugues Bersini

    Message par Guillaume Sam 20 Aoû - 18:44

    La vie artificielle ne tente pas de fournir une millième tentative supplémentaire de définition de la vie, pas plus que ne le font la plupart des biologistes. « Définir » est une entreprise sociologique qui consiste à fonder quelque chose d'assez faible sémantiquement sur un support sémantique plus fort. Le rejet d'une définition autoritaire de la « vie » est souvent compensé par une liste de propriétés fonctionnelles qui ne fait jamais l'unanimité parmi ses
    auteurs. Certains exigent plus de propriétés, d'autres exigent moins de ces propriétés qui sont souvent exprimées en termes d'expressions vagues telles que
    "l'auto-entretien", "l'auto-organisation", "le métabolisme", "l'autonomie", "l'autoréplication", "l'évolution ouverte".

    Pour qu'un système émerge et se maintienne à l'intérieur d'une soupe de molécules potentiellement réactives et contenant des constituants très variés (qui pourraient correspondre aux conditions initiales nécessaires à l'apparition de la vie c'est-à-dire la soupe primordiale), ce système réactif doit former une réseau cyclé ou une organisation fermée, dans laquelle chaque molécule est consommée et reproduite par le réseau. Un tel réseau sera matériellement fermé mais énergétiquement ouvert si aucune des molécules n'apparaît ou ne disparaît du réseau à la suite de facteurs externes, alors que l'énergie, provenant de sources externes, est nécessaire pour que les réactions commencent et se produisent. La présence d'un tel flux d'énergie, maintenant le
    réseau loin de l'équilibre thermodynamique, est nécessaire car, sans lui, aucun flux réactif ne serait possible circulant sur l'ensemble du réseau. Un cycle de réaction agit ainsi comme une machine chimique, entraînée énergétiquement de l'extérieur. Le réseau transforme autant qu'il « retient » tous les agents chimiques qu'il recrute.

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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Est-il utile d'avoir une définition claire de la vie ? Sur l'utilisation de la logique floue dans la chimie prébiotique Gilles Bruylants&Kristin Bartic&Jacques Reisse Empty Est-il utile d'avoir une définition claire de la vie ? Sur l'utilisation de la log

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 10:01

    De nombreux scientifiques, dont l'un des auteurs du présent article, ont consacré du temps à essayer de trouver une définition de la vie (Bersini et Reisse 2007). Il est clair qu'un consensus ne sera jamais atteint mais, plus important encore, il semble que la question elle-même pourrait être sans intérêt majeur. Il est en effet impossible de définir une frontière « naturelle » entre systèmes non vivants et vivants et donc également impossible de définir des critères dichotomiques qui pourraient être utilisés pour classer les systèmes dans l'une de ces deux classes (vivant ou non vivant). La logique floue fournit un moyen naturel de traiter les problèmes où l'appartenance à une classe manque de critères bien définis. Il offre également la possibilité d'éviter de perdre du temps avec des controverses inutiles telles que décider si un virus est ou non un système vivant.

    Le lauréat du prix Nobel de physique Richard Feynman a clairement souligné que : «Il est important de réaliser qu'en physique aujourd'hui, nous n'avons aucune connaissance de ce qu'est l'énergie » ( Feynman et al.1963, p4–2). Il a également souligné, concernant l'absence de définition du « temps » : «Peut-être que c'est tout aussi bien si nous faisons face au fait que le temps est l'une des choses que nous ne pouvons probablement pas définir (au sens du dictionnaire) et disons simplement que c'est ce que nous savons déjà qu'il est : c'est combien de temps nous attendons »

    Les biologistes savent ce qu'est un système vivant et ils n'ont pas besoin de le définir. Lorsqu'une définition est demandée, ils se limitent fréquemment à une liste de propriétés partagées par de nombreux systèmes vivants, sinon tous. Implicitement, les biologistes comme les physiciens sont d'accord avec la déclaration du physicien hollandais bien connu Hendrik A. Kramers qui a dit : «Dans le monde de la pensée humaine en général, et dans la science physique en particulier, les concepts les plus importants et les plus féconds sont ceux auxquels il est impossible d'attacher un sens bien défini.
    il semble nécessaire de poser une autre question : est-il possible de tracer une frontière nette entre un état non vivant de la matière et un système vivant ? Notre réponse est sans hésitation non. Le passage du non-vivant au vivant, à l'origine dite de la vie, a dû évoluer à travers des systèmes qui n'étaient "pas encore vivants" mais déjà "pas totalement non-vivants". Cela signifie, et c'est le point principal que nous souhaitons faire valoir, que la logique aristotélicienne ne doit pas être utilisée par des personnes intéressées par l'origine de la vie.
    La logique aristotélicienne repose sur trois axiomes considérés comme allant de soi :
    – la loi de contradiction qui stipule que « x » ne peut pas être à la fois « A » et « non-A » ;
    – la loi d'identité qui stipule que « x » sera toujours « x » ;
    – la loi du tiers exclu qui stipule que « x » doit être « A » ou « non-A ».
    Ces trois axiomes ne sont pas compatibles avec une description évolutive du monde vivant et ils sont aussi en contradiction avec une description évolutive du passage du non-vivant au vivant.
    Entre le monde prébiotique et le monde biotique, un monde « partiellement prébiotique/ partiellement biotique » a nécessairement existé. Dès lors que la logique aristotélicienne ne peut être appliquée pour différencier le non-vivant du vivant, toute définition de la vie, ou toute définition d'un système vivant doit nécessairement résulter d'un accord. Par conséquent, il est hautement improbable qu'un consensus soit un jour atteint et, par conséquent, le concept de «vivre» restera mal défini

    Il est possible de traiter des concepts mal définis en utilisant une logique non aristotélicienne appelée logique floue ou à valeurs multiples. Une excellente introduction à la logique floue est donnée dans un chapitre du livre de Rouvray (Rouvray1997) consacrée au traitement de l'incertitude dans les sciences physiques. Quelques citations très illustratives liées au concept d'imprécision en science sont données dans ce chapitre. L'une est de Bertrand Russel qui en 1923 disait : «en dehors de la représentation ... il ne peut y avoir de choses telles que l'imprécision ou la précision; les choses sont ce qu'elles sont et il y a une fin » (Russel1923). Un autre est de Williamson qui a dit : « Le flou est en effet une manifestation du fait que nos classifications ne sont pas fixées par des frontières naturelles » (Williamson1989).

    Zadeh a été le premier à introduire le concept d'ensemble flou qui est à la base de la logique floue (Zadeh1965). Il définit un ensemble flou comme «une classe d'objets avec un continuum de degrés d'appartenance ».Selon Zadeh, le concept d'ensemble flou pourrait fournir "une façon naturelle d'aborder des problèmes où la source de l'imprécision est l'absence de critères bien définis d'appartenance à une classe »
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Définir la vie : le point de vue du virus Patrick Forterre

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 10:02

    Je propose ici de définir la vie (un processus historique) comme le mode d'existence des organismes codant pour les ribosomes (cellules) et les organismes codant pour les capsides (virus) et leurs ancêtres. Je propose de définir un organisme comme un ensemble d'organes intégrés (moléculaires ou cellulaires) produisant des individus évoluant par sélection naturelle. L'origine de la vie sur notre planète correspondrait à l'implantation du premier organisme répondant à cette définition.

    La confusion entre le virus et le virion a d'abord été critiquée par Claudiu Bandea qui considérait que la phase intracellulaire du cycle de vie du virus est la phase ontogénétiquement mature des virus (Bandea1983). Comme Bandea l'a écrit dans un article historique "dans cette phase, le virus présente les principales propriétés physiologiques des autres organismes : métabolisme, croissance et reproduction. La vie est donc une présence effective ».

    Jean-Michel Claverie a rappelé que la fabrique virale correspond à l'organisme viral réel, alors que le virion correspond au mécanisme utilisé par le virus pour se propager d'une cellule à l'autre et que confondre le virion avec le virus reviendrait à confondre un spermatozoïde avec un être humain (Claverie2006)
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Vers une redéfinition autopoïétique de la vie. Luisa Damiano & Jetée Luigi Luisi

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 10:04

    Notre proposition définitionnelle, visant à stimuler le développement ultérieur de l'approche autopoïétique, exprime ce qui reste implicite dans la définition du vivant initialement donnée par Maturana et Varela : la vie, en tant qu'autoproduction, est un processus de couplage cognitif avec l'environnement.

    Pour l'observateur, la cellule apparaît comme un système physico-chimique qui a la capacité d'exploiter l'énergie et la matière extérieures pour réaliser une activité interne d'autoproduction et d'auto-entretien.

    Un système autopoïétique est organisé comme un réseau de processus de production (transformation et destruction) de composants qui produit les composants qui, par leurs interactions et transformations, régénèrent et réalisent en permanence le réseau de processus, constituant une unité topologique concrète définie par une frontière.

    Un système vivant est un système capable de s'auto-produire et de s'auto-entretenir grâce à un réseau régénérateur de processus qui se déroule dans une limite de sa propre fabrication et se régénère par des interactions cognitives ou adaptatives avec le médium.
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Sur ce que c'est que voler peut nous dire quelque chose sur ce que c'est que de vivre Christophe Malaterre

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 10:05

    Dans cette contribution, au contraire, il est soutenu que l'existence d'une telle variété de définitions de la vie compromet la possibilité même d'atteindre une définition unique sans ambiguïté. On soutient que se concentrer sur les définitions de types spécifiques de « systèmes vivants » - en quelque sorte de la même manière que l'on peut définir des types spécifiques de « systèmes volants » - pourrait être plus fructueux d'un point de vue heuristique que de rechercher « le » bonne définition de la vie

    Je soutiens qu'au lieu de chercher « la » bonne définition de la « vie », on devrait se concentrer sur la définition des types de « systèmes vivants », car non seulement les systèmes vivants peuvent avoir divers degrés de « vivacité », mais aussi avec des moyens variés. pour atteindre cette 'vivacité'.

    L' « argument méthodologique » découle de la simple observation qu'il existe, en logique et en linguistique, de nombreuses méthodes pour parvenir à des définitions de termes, et que de telles méthodes peuvent en effet générer des définitions tout à fait distinctes d'un terme donné. Par exemple, Clark et Welsh, dans leur manuel de logique (1962), énumérer un certain nombre de ces méthodes et types de définitions. On peut d'abord distinguer les « définitions lexicales » des « définitions stipulatives » : alors que les premières donnent ou expliquent le sens d'un mot en se référant à l'usage linguistique de ce même mot par certaines personnes à certains endroits et à certains moments, les secondes délibérément attribuer un sens à un mot (Clark et Welsh1962, 175–181). En fait, la « définition stipulative » est la principale sorte de définition qui est en jeu lorsqu'on prétend que les arguments peuvent être réglés en clarifiant les définitions, et, à cet égard, les diverses définitions de la vie appartiennent à cette classe de « définitions stipulatives ».

    Mais il existe aussi de nombreuses manières d'élaborer une « définition stipulative » d'un mot donné. Clark et Welsh répertorient pas moins de huit méthodes de définition : la « méthode synonyme », la « méthode d'analyse par genre et différenciation',la « méthode relationnelle ou synthétique », la « méthode dénotative », la « méthode des gammes », la « méthode ostensive », la « méthode implicite » et même la « méthode régulière » (Clark et Welsh1962, 182–192)2. Par conséquent, il n'est pas surprenant que plusieurs définitions d'un terme donné puissent coexister.

    - La « méthode des synonymes » consiste à définir un mot en donnant un autre mot qui est son synonyme (« chat » en français signifie « cat » en anglais) ;
    - la "méthode d'analyse par genre et différentiation consiste à donner le nom d'une classe plus large dont la chose à définir est une sous-classe, et donnant une propriété (différenciation) ce qui le distingue des autres membres de la classe plus large (un « célibataire » est un « homme adulte non marié ») ;
    - la « méthode relationnelle ou synthétique » définit un mot en reliant la chose signifiée à une autre chose qui nous est familière (la couleur « bleu » peut être corrélée à un ensemble donné d'ondes lumineuses) ;
    - la « méthode dénotative » procède en donnant une liste d'exemples de choses auxquelles le mot s'applique (un « jeu de cartes » est quelque chose comme le bridge, le poker ou vingt et un) ;
    - la « range method » définit un cas paradigmatique et des cas limites déviants (un « Labrador retriever » peut être défini en présentant des spécimens typiques et des spécimens limites) ;
    - la « méthode ostensive » définit un mot en présentant un objet (« ceci est un thermomètre ») ;
    - la "méthode implicite" définit un mot en l'utilisant (le mot "hémisphère" peut être défini en disant : 'le diamètre d'un cercle coupe le cercle en deux hémisphères égaux');
    - la «méthode régulière» définit un mot en donnant la règle de son utilisation (la règle pour «nous» est qu'il est utilisé par le locuteur pour se référer à lui-même et à au moins une autre personne).
    Pour plus de détails, voir par exemple Clark et Welsh (1962, 182–192).

    il apparaît donc que le passage de la matière inanimée à la vie n'est pas une question de saut brusque mais plutôt une question de degrés, et que de plus, une telle transition n'est pas une question de degrés selon une seule dimension mais plutôt selon plusieurs dimensions. Par conséquent, définir la « vie » devient moins pertinent que de définir des « types de systèmes vivants » spécifiques qui caractériseraient chacune de ces dimensions et leur interdépendance. Une telle approche pourrait également rendre compte de la pluralité actuelle des définitions de la vie.
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty La résurrection de la vie Michel Morange

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 10:05

    La question de la vie a été progressivement mise de côté dans la seconde moitié du XXe siècle avec l'essor de la biologie moléculaire, mais a refait surface récemment. De nombreux scientifiques et philosophes considèrent qu'il n'y a pas de place pour cette question au sein de la biologie ; que la distinction entre vivant et non-vivant est arbitraire ; et que les progrès de la biologie synthétique chasseront enfin cette question des esprits. Je soutiendrai qu'il y a quelque chose qui ne va pas dans les arguments à l'appui de ces déclarations. Il n'y a aucune raison d'exclure la question "Qu'est-ce que la vie?" de la biologie. Mais la nature de la question a radicalement changé récemment. Au lieu d'être une recherche des principes de la vie, la réponse est maintenant recherchée dans la description du processus historique qui a couplé les caractéristiques désormais bien établies des organismes.

    Deux arguments principaux sont utilisés par ceux qui considèrent que la question « Qu'est-ce que la vie ? n'a pas sa place dans la science. La première est philosophique : la catégorie « être vivant » n'est pas un « genre naturel ». La démarcation entre la vie et la non-vie est le produit de l'histoire humaine, non de l'histoire évolutive. Une telle position a été soutenue par Norman Pirie (Pirie 1957 ), Michel Foucault (Foucault1971) et plus récemment par Evelyn Fox Keller (Keller 2002), et par certains des nouveaux « biologistes synthétiques ». Deux arguments liés sont avancés, l'un historique et le second plus pratique. La question de la vie est relativement récente : elle est apparue à la fin du XVIIIe siècle. Le deuxième argument est que, dans un futur proche, soit à partir d'observations recueillies par des exobiologistes, soit à partir des travaux de biologistes de synthèse, nous serons confrontés à des objets situés à la frontière entre l'animé et l'inanimé. Leur existence remettra en question la séparation claire entre la vie et la non-vie, et que nous les appelions vivants ou non sera une décision humaine.

    La deuxième raison d'exclure la question de la vie de la biologie a été précisément exprimée par François Jacob (Jacob1982). La connaissance scientifique - contrairement à d'autres formes de connaissance, comme la philosophie - a toujours progressé en se concentrant sur des questions de portée limitée, et en renonçant aux grands enjeux. Pour parler clairement, la question de la vie est une perte de temps pour les scientifiques qui travaillent. Il y a confusion dans cette affirmation entre deux types de questions différentes. Les premières questions sont celles que se posent chaque jour les scientifiques sur le banc : il est évident qu'on n'obtiendra des réponses que si les questions sont d'une portée limitée, et que les question de la vie n'est pas un sujet de thèse valable pour un étudiant diplômé ! Mais la science, en tant qu'entreprise mondiale humaine, est plus que l'accumulation d'études ciblées. Les grandes questions font partie de l'investigation scientifique, même si elles sont mises de côté dans le travail scientifique quotidien. La science, et en particulier la biologie, ne peut esquiver les grands enjeux, et des réponses provisoires sont apportées en permanence, sous une forme en quelque sorte subliminale. De telles réponses sont cruciales pour les scientifiques qui travaillent sur l'origine de la vie ou qui recherchent des traces de vie sur des planètes et des exoplanètes.

    Les premiers biologistes moléculaires, Francis Crick et Jacques Monod, n'avaient pas tort de dire que le secret de la vie était résolu et les caractéristiques des organismes expliquées. La question de la vie n'est plus un mystère. Mais ce qui reste à comprendre, c'est la manière dont ces caractéristiques bien définies ont émergé et se sont couplées. Il y a eu un changement radical au cours des cinquante dernières années : la question de la vie n'est plus une recherche de principes de vie, mais une question historique. La question n'est plus « Quelles caractéristiques se retrouvent dans les organismes mais pas dans les objets inanimés ? », mais « Comment ces caractéristiques se sont-elles progressivement associées au sein d'objets que nous appelons organismes ? ».
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Définir la vie : synthèse et conclusions. Jean Gayon

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 11:10

    Avant toute tentative de définition de la vie à des fins scientifiques ou philosophiques, il convient de rappeler que nous sommes tous capables de reconnaître instantanément la vie, discriminer l'animé de l'inanimé semble être une remarquable capacité cognitive de tout être humain. Nous reconnaissons les animaux par leur mouvement et leur forme, et les plantes par les motifs répétitifs des feuilles et des tiges.
    Bien sûr, cette intuition n'est pas infaillible. Les microscopistes des XVIIe et XVIIIe siècles doutaient s'ils observaient de véritables créatures microscopiques ou des corps non organiques soumis au mouvement brownien. De même, au XVIIIe siècle, on discutait beaucoup de la question de savoir si les spores étaient « vivantes » ou non : représentaient-elles une forme de « vie latente », ou étaient-elles capables de « ressusciter » (Tirard2003,2010) ? Aujourd'hui, nous avons des doutes similaires si nous nous demandons : un virus est-il un être vivant ? Un écosystème – ou même la biosphère dans son ensemble – est-il « vivant » et (peut-être pas exactement la même question) un « être vivant » ?

    On dit souvent que de nombreux termes scientifiques fondamentaux, sinon tous, sont difficiles à définir. Il ne faut donc pas s'étonner, selon l'argument, que la «vie», peut-être le terme le plus abstrait de la biologie, soit difficilement définissable. Cependant, l'assimiler à des termes tels que « matière » ou « énergie » est infondé. Premièrement, bien que nous ayons un certain nombre de représentations intuitives de la matière et de l'énergie - la plupart enracinées dans des cultures particulières - nous n'en avons pas une intuition aussi immédiate et cosmopolite que nous en avons de ce que signifie être "vivant". Deuxièmement, contrairement aux termes physiques tels que « force » et « énergie » en physique », ou « gène » en biologie, la « vie » ne fonctionne pas comme un concept théorique dans la biologie moderne. C'est-à-dire qu'il ne s'agit pas d'un terme désignant une entité non observable intervenant dans des hypothèses fondamentales susceptibles d'expliquer des classes de phénomènes.

    un aspect important de la notion intuitive de vie est son aspect antagoniste : ce qui compte, c'est l'opposition entre « vivant » et « non-vivant », plus qu'un contenu particulier attaché à la notion abstraite de « vie ». La raison en est que pour une infinité de situations pratiques, biologiques et sociales, on a besoin d’être capable de faire la distinction entre les êtres vivants et non vivants. Il ne faut donc pas s'attendre à pouvoir tirer une définition de cette expérience originale, car notre appareil cognitif n'a pas été initialement conçu pour cela. Au mieux, la psychologie et les sciences cognitives pourraient fournir une liste des critères discriminants que les humains utilisent pour reconnaître la vie dans des situations variées.

    Deux types de définition doivent être soigneusement distingués : les définitions lexicales (basées sur les usages courants d'un mot) et les définitions stipulatives ou législatives, qui attribuent délibérément un sens à un mot, dans le but d'éclairer des arguments scientifiques ou philosophiques.

    Trois définitions philosophiques traditionnelles de la vie, qui ont toutes été élaborées avant l'émergence de la biologie comme
    discipline scientifique spécifique : la vie comme animation (Aristote), la vie comme mécanisme et la vie comme organisation (Kant). Les trois concepts constituent un patrimoine commun qui structure en profondeur une bonne partie de nos intuitions et de notre vocabulaire culturels chaque fois que nous tentons de penser la « vie ».

    Pour Popper, l'essentialisme (un mot inventé par lui-même) est une conception de la connaissance scientifique qui privilégie des questions du type « Qu'est-ce qu'une certaine sorte de chose ? », ou « Quelle est sa vraie nature ? ». Privilégier de telles questions conduit à une pratique fondée sur l'idée que la tâche essentielle de la science est de définir, au sens d'exprimer l'essence de quelque chose. Popper considère que cette attitude a été la source majeure de stérilité dans l'histoire des sciences comme dans la philosophie depuis l'Antiquité. La véritable connaissance, pour Popper, ne consiste pas à définir des termes puis à déduire quelque chose de ces énoncés fondamentaux (comme dans la méthode démonstrative d'Aristote), mais à formuler des hypothèses.La science ne vise pas à révéler des essences à travers des définitions, mais à décrire et à expliquer le comportement des choses dans des circonstances données, à travers des lois universelles conjecturales. Cela ne signifie pas que les définitions sont sans importance. Elles sont nécessaires, bien sûr, mais uniquement d'un point de vue pragmatique : nous avons besoin de définitions pour une communication claire. Ce dont nous avons besoin, ce n'est pas de dire « ce qu'est quelque chose », mais « ce que nous entendons par quelque chose » dans un contexte scientifique donné. Les définitions doivent toujours être comprises d'une manière nominaliste, non essentialiste ; ce ne sont que des « abréviations utiles ». Avec un admirable sens pédagogique, Popper dit que les définitions « doivent être lues, non pas de gauche à droite, mais de droite à gauche ». Il voulait dire par là (par exemple) que ce qui compte n'est pas « Qu'est-ce que la vie ? mais "Qu'appelle-t-on la vie ?". Ce qui compte, ce sont les hypothèses que nous faisons sur les phénomènes observables ; les définitions doivent être subordonnées à cet objectif premier de la science (Popper 1945, II : 1–24).

    Biologie : En 1766, Christian Hanov, disciple du philosophe Christian Wolff, l'utilisa (en latin encore) dans le titre d'un grand traité dans lequel il défendait l'idée d'une science vouée à l'étude des lois les plus générales communes aux plantes et aux animaux (pour cette importante découverte historique, voir McLaughlin2002). Cela cadre bien avec une affirmation commune aux historiens des sciences, selon laquelle l'idée d'une science entièrement et exclusivement consacrée aux phénomènes de la vie et aux êtres vivants, serait apparue dans la seconde moitié du XVIIIe siècle. Il remet également l'origine du mot plus de trois décennies plus tôt que le récit traditionnel. En effet, lorsque Treviranus, Lamarck et Bichat introduisirent solennellement le mot « Biologie » en allemand et en français, leur proposition ne venait pas de nulle part. Le mot « biologie » et l'idée d'une science englobant les phénomènes de la vie dans toutes ses dimensions (lois générales, classification et histoire) existaient déjà.

    La théorie cellulaire a été la première étape. Puis est venue la théorie de l'évolution, et enfin la biochimie et la biologie moléculaire, qui ont montré que tous les êtres vivants connus sont faits de la même matière (acides nucléiques, protéines, etc.), et présentent une unité métabolique remarquable (existence universelle de mécanismes et de voies métaboliques quasi universels). Notez qu'aucune de ces sous-disciplines de la biologie n'a jamais tenté de définir la vie. Mais tous ont définitivement montré qu'il existe de très fortes raisons de croire que les êtres vivants partagent un certain nombre de propriétés qui les distinguent de tout autre être naturel, et qui justifient l'existence d'une science méthodologiquement autonome.
    Presque toutes les définitions actuelles de la vie sont des tentatives plus ou moins convaincantes en ce sens. Certains insistent sur les membranes et le métabolisme, d'autres sur la reproduction et l'évolutivité, d'autres sur les « briques de base » du vivant (molécules organiques). D'autres encore tentent de fournir une formule aussi abrégée que possible.

    les grandes possibilités théoriques semblent avoir été épuisées avant le XIXe siècle. Georges Canguilhem, dans un article mythique (Canguilhem1968), identifie trois concepts majeurs de la vie, chacun associé à un philosophe hors pair : la vie comme animation, la vie comme mécanisme et la vie comme organisation.
    1) L'animisme est certainement la notion la plus ancienne et la plus universelle de la vie. Elle définit et explique la vie par un principe spécifique, l'âme. Aristote a fourni l'élaboration la plus impressionnante de cette conception. Sa déclaration la plus importante est peut-être que l'âme est la cause de la vie en ce sens qu'elle est l'exercice coordonné de toutes les capacités d'action du corps. L'âme, dit Aristote, est pour le corps tout entier ce que la vue est pour l'œil. L'âme est donc à la fois l'ensemble des fonctions et leur coordination.
    2) Le concept de la vie comme mécanisme fait exactement le postulat inverse. Selon elle, toutes les fonctions vitales ne sont que des mécanismes, et le corps vivant lui-même est une machine. Bien qu'il soit beaucoup plus compliqué que n'importe quel artefact fabriqué par l'homme, il ne nécessite pas un type particulier de principe théorique pour expliquer son fonctionnement. Descartes a donné à cette conception sa forme la plus élaborée. La conception mécaniste de la vie est fondée sur une représentation de la nature qui n'admet pas une réelle distinction entre corps non vivants et corps vivants. Poussée à ses limites, la conception mécaniste de la vie conduit à éviter le mot « vie ». C'est exactement ce qui se passe dans les oeuvre de Descartes.
    3) La dernière conception philosophique de la vie consiste à mettre l'accent sur l'organisation, et par conséquent, elle identifie les êtres vivants à des « organismes ». Cette conception s'est développée tout au long du XVIIIe siècle, et a conduit à l'invention et à la diffusion du mot « organisme », devenu courant au début du XIXe siècle. C'est venu comme une sorte déterminants tant pour les animistes que pour les mécanistes, parce qu'elle s'appuie à la fois sur des intuitions mécanistes (le corps vivant assimilable à un organe - l'instrument de musique capable de jouer par lui-même, sur la base de ses propres mécanismes), et sur des idées animistes (« organisation » et « organisme » viennent pour le mot grec organon, qui signifie un moyen par rapport à une fin d'où la connotation finaliste de ces mots). Emmanuel Kant, dans sa Critique du jugement, a fourni une remarquable élaboration philosophique de cette conception. Il a proposé d'assimiler les notions de « finalité naturelle » et « d'être organisé » (le contexte précisant que les êtres organisés sont des êtres vivants). Un être organisé, explique Kant, est un être dans lequel toute partie est à la fois un moyen et une cause productive pour les autres.
    Un tel être est différent d'une machine, dans laquelle chaque pièce est un moyen par rapport aux autres, mais n'est en aucun cas « produite » par elles. Dans le même texte, Kant insiste également sur le fait que les « êtres organisés » sont capables de « s'auto-organiser » (s'auto-entretenir, s'auto-réparer et s'auto-reproduire).

    il convient de rappeler que donner une définition et donner un critère opérationnel ne sont pas nécessairement la même tâche. Une définition est une construction théorique, idéalement fondée sur un ou plusieurs caractères que nous croyons essentiels à la chose définie, même si nous n'adoptons pas une position réaliste ou platonique par rapport aux définitions. Une bonne définition est celle qui capture quelque chose d'important en termes de contenu conceptuel du terme défini.

    Un certain nombre d'auteurs, dont peut-être certains dans ce volume, sont convaincus qu'il existe une frontière nette entre le vivant et le non-vivant, car la différence n'est pas une question de science historique, mais une question de physique, ou quelque chose comme ça. proche d'elle. Elle est décrite par une science nomologique, non par une science « idiopathique »1.
    Ces auteurs pensent qu'une propriété hautement abstraite est la signature de la vie et est le résultat d'une sorte de saut ou de bifurcation dans le comportement d'un certain type de système dynamique.
    Bien sûr, si les systèmes vivants reposent sur des propriétés sui generis qui leur appartiennent universellement en vertu des lois de la nature, le problème de définir la vie revient à identifier ces lois.

    1 Science nomologique : une science basée sur des énoncés universels de portée illimitée (lois). Sciences idiopathiques : sciences traitant d'événements qui ne se produisent qu'une seule fois.  

    Les définitions stipulatives :
    1) Ruiz-Mirazo/Peretó/Moreno:
    "[La vie est] un réseau complexe d'agents autonomes auto-reproducteurs dont l'organisation de base est instruite par des enregistrements matériels générés par le processus historique ouvert dans lequel ce réseau collectif évolue."

    2) NASA Brack:
    "La vie est un système chimique autonome capable de subir une évolution darwinienne."

    3) Popa
    "Les entités vivantes sont des systèmes auto-entretenus, capables d'évolution adaptative, individuellement, collectivement ou en filiation."
    "Être en vie est l'état d'expression de ces capacités."
    "La vie est un concept indiquant que la capacité d'exprimer ces attributs est virtuellement
    ou réellement présente."

    4) Damiano et Luisi :
    "Un système est vivant quand [il] s'auto-entretient en raison d'un réseau régénérateur de processus se déroulant dans les limites de sa propre fabrication, et qui a une interaction cognitive adaptative avec le médium."

    5 )Maturana et Varela : «Un système vivant est un système qui est capable de s'auto-produire et de s'auto-entretenir grâce à un réseau de processus de régénération à l'intérieur d'une frontière de sa propre fabrication.

    deux catégories :
    1) l'auto-entretien individuel et l'évolution indéfinie d'un ensemble d'entités semblables.
    2) Sans la reproduction et l'évolution, et adoptent une sorte de vision psychique du vivant, qui met également l'accent sur l'environnement.

    Les échos aux grands débats théoriques qui caractérisent les recherches actuelles sur les origines de la vie : La relation entre ce débat fondamental et le problème de l'origine de la vie est assez simple (même si, encore une fois, n'étant pas spécialiste, j'ai conscience de simplifier à l'excès). Il semble clair que si l'on met l'accent sur des entités théoriques telles que les cycles métaboliques, les vésicules et les membranes, et une sorte de compartimentation, on privilégie une approche fonctionnelle de la question de ce que sont les êtres vivants. Une telle approche cadre bien avec l'idée que ce qu'il faut expliquer, c'est l'émergence de systèmes individuels auto-entretenus. Si tel est le cas, l'émergence de la vie se résume (dans une formulation philosophique large) à l'émergence de l'individualité. Par contre, si vous insistez sur la réplication des polymères, sur la reproduction des assemblages de tel ou tel type de molécules, et sur l'évolution des populations de quelque chose, vous serez probablement amené à mettre l'accent sur une notion de la vie en termes de collectifs, descendance et histoire des collectifs apparentés.
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Commentaires et réflexions par Guillaume

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 11:38

    Je reprendrais la première définition retenue par J. Gayon : " l'auto-entretien individuel et l'évolution indéfinie d'un ensemble d'entités semblables"
    Cette définition est une définition descriptive, fonctionnelle et opératoire du vivant, mais elle n'identifie pas la ou les causes qui permettent aux organismes vivants de mettre en œuvre ces comportement.

    Je persiste à penser que la solution se situe quelque part du côté de la question de la capacité à faire des choix, c'est à dire de sélectionner, dans l'univers des chaines causales possibles, une chaine causale spécifique dont le résultat final est prédictible.

    Cette façon de formuler la question, aussi appelée téléonomie (un terme inventé par Colin Pittendrigh en 1958 puis par Jacques Monod en 1970 qui fait référence à la qualité du but apparent et de l'orientation aux objectifs des structures et des fonctions des organismes vivants, qui dérive de leur l'histoire et son adaptation évolutive pour le succès reproducteur.) n'apparait a aucun moment dans cette compilation de réflexion sur la définition de la vie.



    Différence entre sélectionner et choisir :
    Choisir implique une intention, un but, un téléonomie, sélectionner est un mécanisme de tri physique qui peut se mettre en oeuvre naturellement dans la nature : cf le plages de sable ou de galets dont les composants sont créés- sélectionnés par les mouvements de l'eau.

    Téléonomie : définition, explications
    En biologie, la téléonomie est le caractère de la matière vivante, en tant que résultat d'une finalité. En didactique, elle est l'étude des lois de la finalité.

    La téléonomie fait référence à des processus qui s'expliquent uniquement par leurs composants et structures. Ils ne nécessitent donc aucune hypothèse supplémentaire sur d'éventuelles influences téléologiques ou intentionnelles externes. Ceci distingue le concept de la téléonomie de celui de la téléologie ou de l'entéléchie.

    Le terme téléonomie a été créé par opposition à celui de téléologie (applicable à des fins prévues par un agent qui peut modéliser ou imaginer intérieurement plusieurs futurs alternatifs, un processus dans lequel l'intention, le but et la prévoyance ont une place). Cependant, un processus téléonomique, tel qu'il pourrait être compris, par exemple, l'évolution elle-même, donne naissance à des produits complexes sans avoir de telles directives ou prévisions. L'évolution comprend, dans une large mesure, la rétrospection, car les variations qui la composent involontairement font des «prédictions» sur les structures et les fonctions les mieux adaptées aux circonstances futures, participant à une compétition qui élimine les perdants et sélectionne les gagnants de la prochaine génération.

    Au fur et à mesure que les informations sur les fonctions et les structures les plus bénéfiques s'accumulent, la régénération de l'environnement se fait par la sélection des coalitions de structures et de fonctions les plus appropriées. La téléonomie, en ce sens, serait plus liée aux effets passés qu'aux buts immédiats.
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    Defining Life: Conference Proceedings Empty Création d'un nouveau post : Téléonomie

    Message par Guillaume Lun 22 Aoû - 12:21

    Une recherche bibliographique sur la Téléonomie apparait indispensable !

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